Program sdružuje školy, pro které zdraví neznamená jen nepřítomnost nemoci, ale vnímají jej jako výsledek vzájemně působících faktorů bio – psycho – sociálních, tzv. holistické pojetí zdraví, které odpovídá i pojetí WHO. Tyto faktory se školy snaží rozvinout pomocí respektu k přirozeným potřebám jednotlivce, podporou komunikace, spolupráce, důrazem na odpovědnost k vlastnímu zdraví a rozvíjením životních kompetencí všech členů školního společenství.

Koordinátorem a garantem programu ŠPZ v České republice je Státní zdravotní ústav (SZÚ) se sídlem v Praze.

Národní síť programu Škola podporující zdraví v ČR je zároveň jedním ze 43 členů evropské sítě Schools for Health in Europe (SHE), která má v Evropě tradici od roku 1992.